O Rio São Francisco nasce na serra da Canastra em terras do município de São Roque de Minas, Minas Gerais e deságua no Oceano Atlântico entre Sergipe e Alagoas. A bacia do São Francisco possui uma área de 640.000 km2 e o curso principal do Rio tem uma extensão de 2.700 km.
O Rio segue a direção geral sul-norte até a confluência com o Urucuia, onde inicia um grande arco com direção norte-nordeste até a cidade de Cabrobó (PE), girando então para leste e logo depois para sudeste, até a foz.
O São Francisco tem, entre veredas, córregos, ribeirões, riachos e rios, 168 afluentes, sendo 90 pela margem esquerda e 78 pela margem direita. Quanto ao regime 99 são perenes e 69 intermitentes. São 36 os tributários de porte significativo, dos quais somente 19 são perenes; os mais importantes formadores, de regime perene são os rios: Paracatu, Urucuia, Carinhanha, Corrente e Grande, pela margem esquerda, e das Velhas, Jequitaí e Verde Grande, pela margem direita.
O clima do Vale é quente e seco com uma grande radiação solar. Possui elevadas temperaturas. O Vale está dividido em 4 regiões fisiográficas: Alto, Médio, Submédio e Baixo São Francisco.